Bakterijo lahko najdemo v sečnici, na materničnem vratu, v danki, žrelu ali očesni veznici, odvisno od vrste spolnega odnosa.
Vnetje sečnice se pri moškemu pojavi 3 – 7 dni po okužbi in se kaže z gnojnim, rumenkastim ali zelenkastim izcedkom, srbenjem in pekočim uriniranjem. Nezdravljena okužba preide v kronično, pri čemer lahko izcedek popolnoma preneha in se preseli v mehur, prostato in obmodek. Pojavljajo se lahko tiščanje na vodo, boleče erekcije, včasih tudi povišana temperatura. Po nezaščitenih receptivnih analnih spolnih odnosih z okuženim partnerjem se lahko razvije vnetje sluznice danke, lahko se pojavijo krvavi, gnojno-sluzavi izločki iz zadnjika, srbež zadnjika, siljenje na blato itd.
Pri ženskah poteka vnetje sečnice in sluznice materničnega vratu brez izrazitih težav, zato je kronična okužba pogostejša in se lahko razširi na jajcevode in jajčnike. Okužba žrela po receptivnem spolnem odnosu poteka brez posebnih simptomov, lahko pa se razvije vnetje in občutljivost žrela ob požiranju.
Klamidija je okužba sečil, spolovil, danke, izjemoma tudi žrela.
Pri moških se 1 do 3 tedne po okužbi pojavi svetel sluzast izcedek in/ali pekoč občutek v sečnici, ki tudi brez zdravljenja izgine, lahko pa sledi kronično občasno poslabšanje ali vnetje obmodka ali prostate. V primeru okužbe danke se lahko šele čez 6 tednov pojavi krvavo-sluzav izcedek, boleče iztrebljanje, povišana temperatura, ranice v zadnjikovem kanalu, vnetje dimeljskih bezgavk, glavobol in bolečine v sklepih.
Okužba pri ženskah pogosto poteka brez kakršnih koli težav. Okužbe sečnice, nožnice ali materničnega vratu poteka brez posebnih simptomov ali pa obolele ženske izcedka sploh ne opazijo. Nezdravljena okužba se preseli v jajcevode in povzroča neplodnost.
Gre za bolj nevarno obliko klamidijske okužbe, ki jo povzročajo serotipi L1, l2 in L3. Značilni znaki okužbe s povečane in boleče bezgavke v dimljah, ki nezdravljene pogosto vodi v abscese (ognojke) v dimljah, običajno se pojavi od nekaj dni do mesec dni po okužbi. Od 3–12 dni po okužbi se na mestu spolnega stika (zadnjik, nožnica, penis) lahko pojavi boleča razjeda, otečejo bezgavke; v primeru, da je vstopno mesto zadnjik oziroma danka, lahko pride do drisk in do vnetja celotne danke, siljenja na blato, krčev v trebuhu itd. Diagnostika je zahtevna, zdravljenje pa dolgotrajno.
Gonorejo in klamidijsko okužbo lahko učinkovito pozdravimo z ustreznimi antibiotiki. Ker so težave in klinična slika v primeru okužbe sluznice danke podobne kot pri kronični vnetni bolezni, je možno, da bo postavljena napačna diagnoza (s posledično neustreznim zdravljenjem), če zdravnik ne bo pomislil na možnost spolno prenosljive okužbe, zato je nujno, da mu poveste, če ste imeli analne spolne odnose v obdobju pred pričetkom težav.
Od okužbe do pojava razjede/ranice na koži in sluznici minejo približno 3 tedni. Neboleča razjeda (trdi čankar) nastane na mestu okužbe in se lahko pojavi na penisu, na zunanjem spolovilu ženske, v zadnjiku/danki, nožnici/materničnem vratu ali v ustih, odvisno od spolnega odnosa.
Teden dni po pojavu trdega čankarja se v njegovi bližini pojavijo trde, neboleče bezgavke, 8–9 tednov po okužbi otečejo še druge bezgavke, lahko se pojavijo glavobol, povišana temperatura in bolečine v sklepih. Nato se pojavi izpuščaj po trupu in okončinah, pogosto se pojavijo še rdečkasto-rjavi izpuščaji po dlaneh in podplatih. Na sluznicah ali koži spolovila se lahko pojavijo široki kondilomi, ki so zelo kužni. Po 4–5 mesecev po okužbi se lahko pojavi izpadanje las. Po enem letu od okužbe spremembe na koži in sluznicah izginejo in bolezen preide v spečo obliko – pozni sifilis. Čez leta se začnejo pojavljati destruktivne spremembe na koži ali notranjih organih, prihaja do okvar ožilja, srca in živčevja. Sifilis se zdravi z antibiotiki.